为了适应全面实施素质教育和培养创新人才的需要，我校从全局出发，统筹资源优化配置，加强协调管理，提高办学效率，促进开放共享，经过深入调研和广泛讨论，于2004年6月组建植物生物学基础实验教学中心。中心下辖植物学实验室、植物生理实验室、生物化学实验室、遗传学教学实验室、开放研究实验室、校内教学实习实习基地等功能单位，主要承担我校植物生产类专业的基础实验课程教学、课外科技创新训练等本科层次的实践教学任务。

中心于2005年经广东省教育厅组织专家论证，被确定为广东省第一个植物类基础实验教学示范中心；2007年通过教育部评审，被批准为国家级实验教学示范中心建设单位，经过5年建设，于2012年通过专家组验收，正式成为国家级实验教学示范中心。2013年开始加强农林植物学虚拟仿真实验教学中心建设，2017年入选广东省本科高校质量工程建设项目立项名单（粤教高函【2017】214号），成为我校首个省级虚拟仿真实验教学中心。中心自主创建的《荔枝果实品质评价及采后褐变机制虚拟仿真实验》于2018年被认定为国家虚拟仿真实验项目，并于2020年被评为国家一流课程。